같은 해에 정명훈은 바렌보임의 뒤를 이어 파리 바스티유 오페라의 지휘자가 되었는데, 당시 이 소식은 우리에게 커다란 국가적 경사로 보도되었었다. 유럽 음악계에서도 그리 알려지지 않은 바스티유 오페라의 오케스트라를 세계적 수준의 오케스트라와 당당히 자웅을 겨루는 악단으로 만들어놓으며 활발한 활동을 벌이던 정명훈의 능력은 정말 놀라웠다. 하지만 운영진과의 마찰로 고심하던 정명훈은 씁쓸한 뒷맛을 느끼며 1994년에 바스티유를 명예 퇴진해야 했다. 이미 세계 음악인들과 애호가들은 정명훈의 능력과 그가 정치적 희생으로 퇴진할 수밖에 없었던 이유를 상세히 알고 있었다. 최선을 다하며 일하다가 도중하차한 거장을 영입하려는 곳은 여전히 많았다. 정명훈은 1997년 1월 아시안 필하모닉 오케스트라를 창단하고 그곳의 음악 감독 겸 상임지휘자 직을 맡았고, 곧 이탈리아의 산타 체칠리아 국립 음악원 오케스트라의 지휘자를 선택했으며, 2000년에는 프랑스의 라디오 프랑스 필하모닉 오케스트라의 음악 감독으로 왕성한 활동을 해왔다.